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其实攻占马尼拉城，击败西班牙殖民者并不难，主要是商毅打箅在马尼拉长期占领，把马尼拉成为中国的殖民地，因此在占领马尼拉之后，善好的事情也是千头万绪，十分复杂，这也是商毅坚持要自己带兵出征的一个重要原因，成钢和黄震在这方面还嫩了一点。
商毅首先宣布，菲律宾这个名字正式取消，以后全部都以“吕宋”为这一地区的称名，菲律宾群岛也改名为吕宋群岛。而圣地亚哥堡，改名为镇南堡。不过其他各岛屿的名称和马尼拉城的名字保持不变。虽然说名字只是一个代号，但仍然十分重要，菲律宾全面改名为吕宋，也标志着这一片岛屿的主权正式发生了变更。
当然名称的改变只是一种像征意义，吕宋地区的最大作用，还是在于作为欧州和美州地区通向中国的一个贸易中转站，尽管它距离中国大陆的路程只有十五到二十天的距离，但依然是一个重要的商品集散地和中途的补济点。用后世的话来说，是一个物流集散中心。
商毅占领马尼拉，不仅仅是看重了吕宋地区的地理优势，同样还有吕宋地区的自然资源，吕宋地的铜矿十分丰富，也有相当的铁矿和金矿储量，这些都是前商毅正需要的金属矿产。另外吕宋群岛属于亚热带地区，不仅森林资源丰富，盛产水稻、玉米，而且还可以种植多种热带作物。
西班牙殖民者在马尼拉经营了八十余年，虽然是殖民统治，但也确实给吕宋地区带来了先进的技术，并且进行了一定的开发，开避了许多农业种植水稻、玉米、甘蔗等作物，由其是在吕宋引入了甘蔗种植，这是榨食糖的重要原料，而食糖在这个时代，也是一项重要的商品。当然这也有相当一部份功劳是华人的辛勤劳动。因此无论是从长远还是短期，吕宋地区都将会给自己带来巨大的财富。
首先是尽快稳定马尼拉的生活秩序，让其他华人尽快定居下来，各自开始各自的生管，而这一点在攻下马尼拉城之前，张庚秋等人就己经开始在做了。
其次是恢复与各地的正常贸易来往。因为在目前来说，马尼拉最主要的收入还是来往商船的关税，和商品流通带来的财富。历史上每一次马尼拉华人大屠杀之后，都会给马尼拉带来一次经济衰退，然后再慢慢的恢复，因为马尼拉的贸易活动，主要是依靠中国的商皓。而这一次大屠杀实际并未完全进行，而且中华军占领马尼拉之后，中国的商船仍然继续来到马尼拉，而只要中国商船来，那么其他各囯的商船也都会随之而来，因此对马尼拉的贸易影响并不大。
当然现在马尼拉的贸易来往,是由中国人来主导了，因此商毅也委任张庚秋，从当地华人中选出十几名较有声望和影响力的人，付责管理马尼拉与其他各国的贸易来往，收取关税等等，同时也告之各国，现在吕宋地区己经由中国的南京政府接管了。
马尼拉的内政只是一方面，另外还有对外的战争并未完全结束，现在中华军控制的只有吕宋岛，而在呂宋群岛的其他诸岛，中华军还没有真正来得及染指，而且就是在吕宋岛，中华军实际能够控制的，也只是马尼拉城和周边的地区，其实只占了吕宋岛的极小一倍份。在中华军控制以外的地区，还散布着大量的传教士，而吕宋岛上的各土著部族，还没有向中华军正式臣服。另外还有从马尼拉城逃跑的大主教，也还下落不明，这也是一个极大的隐患，必需清除掉。
因此商毅也命人四处打听，大主教弗朗西斯科的下落。同时也派出部队，去接收西班牙殖民者在马尼拉地区开避经营的各工厂、农场、庄园等资产，首先进行清点查封，登记造册，准备进行拍卖。并且派人回国通告国內的各大商家，有兴趣的人都可以来马尼拉来，拍实大会将在二个月后进行。
三天之后，马尼拉地区的生活秩序基本恢复，八成以上的华人也都定居下来，还有少数店铺也都开张营业，而且马尼拉地区的工厂、农场、庄园等等也基本被中华军清点査封，一共有四十三处。
而这时在棉兰老岛的天主教耶稣会的马尼拉教区的付责人，奥利维拉主教带着几名传教士，在郭纳爵和阳玛诺的陪同下，来到吕宋岛，参见商毅。
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